Grundsätzlich unterschiedet man zwischen der biologischen-, und der mechanischen Filterung. Bei der mechanischen Filterung werden hauptsächlich die abgestorbenen Pflanzenreste, Mulm und Trübstoffe aus dem Aquarium gefiltert. Bei der biologischen Filterung arbeiten Bakterien, um das Wasser zu reinigen. Als Schlagwort ist hier die Nitrifikation zu nennen, bei der durch die Bakterien Ammoniak zu Nitrat umgewandelt wird. Das Nitrat wird wiederum von den Pflanzen aufgenommen. Die Bakterien setzten sich in dem feinen Filtersubstrat fest. Wichtig ist das sie ständig mit Wasser umspült werden. Geschieht dies nicht, so sterben sie innerhalb von Stunden ab.
Unsere Filter sollten somit optimaler Weise sowohl mechanisch als auch biologisch Arbeiten. Das Substrat für die mechanische Filterung wird dabei in regelmäßigen Abständen ausgewechselt, während die biologische Filterung möglichst lang nicht gestört werden sollte.
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